Villa San Marco wywodzi swoją nazwę od starożytnej kaplicy poświęconej św. Markowi zbudowany na miejscu w drugiej połowie XVIII wieku. Villa o powierzchni 11 000 metrów kwadratowych, należy do największych rzymskich willi mieszkalnych w rejonie Wezuwiusza i położona jest na wzgórzu Varano w pięknym, panoramicznym miejscu.
Willa, po raz pierwszy odkopana w okresie Bourbon w latach 1749-1754, była systematycznie ponownie wykopywana w latach 1950-1962.
Oryginalna willa, pochodząca z epoki Augusta, skupiona wokół czterostylowego atrium jońskiego, została rozbudowana w okresie klaudyjskim o panoramiczny ogród i basen otoczony trójbocznym portykiem zwieńczonym kolumnadą ze spiralnymi kolumnami.
Pierwsze prace wykopaliskowe przeprowadzono w latach 1749–1754, a kolejne w latach 50. XX wieku pod kierownictwem Libero d’Orsiego we współpracy z Soprintendenza.
Większa część konstrukcji została zatrzęsiona podczas trzęsienia ziemi w listopadzie 1980 roku, a perystyl willi został poważnie uszkodzony.
W latach 2011–2012 przeprowadzono dalsze prace renowacyjne i zabezpieczające, obejmujące atrium, kuchnię, frigidarium, korytarze, górny i dolny perystyl oraz otoczenie dziedzińca, przywracając go do stanu sprzed trzęsienia ziemi w 1980 roku.
Zakończenie prac renowacyjnych umożliwiło również przywrócenie dostępu przez główne wejście zbudowane w latach 50. XX wieku w willi San Marco.
